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微生物数据分析云平台正式开放


录入时间:2016-4-1 15:09:01
   
   GeneDock与中国疾病预防控制中心中国CDC传染病预防控制所合作开发的微生物数据分析云平台已于今日正式上线开放https://analysis.mypathogen.org/这一项目由中国疾控中心传染病预防控制所发起主要是为了提升传染病领域大数据的利用效率实现高通量测序技术在病原菌检测?#22270;?#27979;工作中的标准化应用让非专业人员也可以快速准确方便地开展生物信息分析鉴定样本微生物的组成和基因组特征并尽快开?#36141;?#32493;的深入研究和信息挖掘
传染病预防控制所的张雯老师是这一项目的负责人她谈到微生物数据分析云平台这一项目时有她自己的理解大数据时代云平台与生命科学领域的结合必然会为精准医疗的发展带?#27425;?#38480;的可能性目前我们更应该关注云的落地问题即云平台中的大数据处理技术可以解决哪些?#36136;?#30340;问题传染病防控领域与人类健康息息相关对数据利用的时效有?#32454;?#30340;要求同时需要不同城市的部门和实验室之间实现数据共享和交互以及标准化的数据分析流程云计算为打通这些?#26041;?#25552;供了可能性我们希望可以通过微生物分析平台的建设促进国内疾控数据的交互推动高通量测序技术在国内病原菌检测?#22270;?#27979;工作中的?#34892;?#21033;用
对于张雯老师带领的课题组来说微生物测序数据分析在研究中占有很重要的地位从不同临床渠道采集得到的样本进行比对同一样品内检测?#22270;?#23450;致病菌或其他重要细菌的种类及比例以及对微生物菌群内部发生的突变和变异进行解读包括理解微生物的生理机制都离不开对基因信息的深度挖掘在过去这些工作需要在本地完成耗时耗力另外历史数据的管理和不同实验室间的合作也常受到基因数据的限制云平台这个项目正是为了解决这些问题而发起的

平台主要向CDC系统的各级科研和卫生防疫人员提供可视化的微生物数据分析流程我们已经合作将微生物领域所需的基因数据分析流?#31958;频?#24179;台上包括传染病预防控制所专家们自主研发的最新算法和分析流程GeneDock的基因数据云服务在底层全面支撑这些重要业务谈到微生物数据分析云平台的架构GeneDock首席技术官王乐珩是这样描述的
在开发微生物数据分析云服务平台的过程中GeneDock团队应用了很多关键的数据技术例如在安全方面平台在数据传输和存储过程中全面应用了数字签名金融?#37117;用?#31561;工?#23548;?#25216;术新设计的企?#23548;?#27597;子账户权限系?#24120;?#33021;对不同用户的海量数据进行彻底的权限隔离并针对不同业务需求采用个性化的授权策略这满足了科研用户对珍贵基因数据的控制和分享需求让各?#26893;?#21516;的用户群体分享到不同安全级别的生物信息分析流程和基因数据再例如在数据传输方面GeneDock独有的基因数据压缩算法和传输系统大大提高了各地方CDC机构上报传染病微生物基因数据传输的效率另外GeneDock提供了强大易用的分析流程配?#38665;?#20855;方便生物信息学家研发新的分析流程
在项目首期微生物数据分析云平台上发?#21058;?个不同的生物信息分析流程可实现NGS数据的质量控制基因预测进化分析蛋白注释等功能平台的web前端目前可支持至少100位用户同时并行操作80个分析作业的并行进行弹性的平台设计支持未来对计算和存储?#35797;?#30340;无限扩展
疾控中心传染病预防控制所希望通过这一项目可以促进微生物研究中的跨地域跨实验室合作更好地利用先进的数据技术和强大的云端?#35797;?#20174;科研数据?#22411;?#25496;更多的有价值信息
基因组数据具有先天的复?#26377;ԣ?#32780;云计算技术则可以提供高性能的稳定分析工具通过充分地分析和挖掘我们才能使宝贵数据的价?#26723;?#21040;真正发挥从整个产业的角度来说数据的分析挖掘需要尽可能多的人才参与进来张雯老师认为这就是云平台的最大价值?#26723;?#22522;因数据的使用?#35759;x?#20154;人能做生信分析

 

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